Die Belastung durch die Sporen von Schimmelpilzen führen häufig zu Atemwegsbeschwerden. Die Folge sind allergische Reaktionen wie z. B. Schnupfen, Niesen, gerötete Augen oder Hautausschlag. Im weiteren Verlauf können chronische Erkrankungen die Folge sein. Kinder und geschwächte Personen sind besonders gefährdet. Bei Allergien setzt sich das Immunsystem nicht gegen gefährliche Fremdstoffe wie z. B. Krankheitserreger sondern gegen normalerweise harmlose Fremdstoffe wie Pollen oder Bestandteile von Lebensmitteln zur Wehr. Die Allergie äußert sich dann durch die typischen allergischen Symptome.
In der Normalbevölkerung sind Allergien häufig und ein Teil davon wird auf Schimmelpilze zurückgeführt. Oft wird eine Schimmelpilzallergie nicht erkannt, da bisher nur auf wenige Schimmelpilze getestet werden kann. Bei Personen, die auf Schimmelpilze reagieren, können auch geringe Schimmelpilzkonzentrationen ausreichend sein, um z. B. einen Asthmaanfall auszulösen.
Durch wiederholte Exposition gegenüber sehr hohen Konzentrationen von Sporen können Lungenkrankheiten auftreten, die zur Entwicklung von spezifischen Berufserkrankungen, wie z. B. der Farmerlunge führen können. Hier spielen Sporen aus verschimmeltem landwirtschaftlichen Material wie Heu, Stroh, Getreide und Gemüse die wesentliche Rolle. Durch einen Bluttest können Antikörper bestimmt werden, deren Konzentration zwar den Kontakt zu Schimmelpilzen nachweisen, die jedoch keine Rückschlüsse auf das Vorhandensein oder den Schweregrad einer allergischen Reaktion zulassen.
Bei den von Schimmelpilzen produzierten, den charakteristischen Schimmelgeruch verursachenden, flüchtigen organischen Verbindungen, handelt es sich um ein Gemisch aus verschiedenen Stoffen. Einige Studien weisen auf einen Zusammenhang zwischen dem Vorhandensein solcher Verbindungen und gesundheitlichen Beschwerden wie Schleimhautreizungen und Kopfschmerzen hin. Die dadurch vorhandene Geruchsbelästigung ist von Bedeutung, da die Geruchsschwellen einiger Stoffe im unteren Bereich liegen.
Durch Schimmelpilze hervorgerufene Infektionen der Lunge (pulmonale Mykosen) kommen nur sehr selten vor. Die am häufigsten beschriebene Infektion ist die von verschiedenen Aspergillusarten hervorgerufene sog. Aspergillose. Solche Infektionen treten fast ausschließlich bei besonders empfänglichen, meist stark immungeschwächten Personengruppen (z.B. Krebspatienten nach Chemotherapie, Transplantations- Patienten, HIV-Patienten) auf.